По характеристикам экологической среды и реальным научно-исследовательским требованиям стран Центральной Азии, НИЦЭСЦА построил 3 филиала, 3 совместные лаборатории, 3 информационных подцентра, 15 полевых наблюдательных и исследовательских станций и 4 экспериментально - демонстрационные зоны сельскохозяйственных и экологических технологий.

Филиалы: создал филиал в Алмате совместно с Казахским НИИ почвоведения и агрохимии Академии Сельскохозяйственных Наук Казахстана, филиал в Бишкеке совместно с Институтом геологии НАН Кыргызстана, филиал в Душанбе совместно с Институтом геологии, сейсмостойкого строительства и сейсмологии АН Таджикистана.

Полевые станции: используя единые приборы, единые способы наблюдения и единые данные, вдоль гор Алтая, северных склонов гор Тяньшань, южных склонов гор Тяньшань и Памира, было построено 15 полевых наблюдений в Казахстане, Кыргызстане, Таджикистане и Узбекистане на основе различных градиентов воды и температуры. Благодаря созданию этих станций образовалась сеть наблюдения экосистемы Центральной Азии, охватывающая ледники, горы, лесные массивы, луга, оазисные угодья, водно-болотные угодья и пустыни.

Совместные лаборатории: создана совместная лаборатория по почвоведении и экологию в Казахстане, совместная лаборатория по воде и растениям в Кыргызстане, и совместная лаборатория по геологии и минералогии в Таджикистане. И все научно-исследовательские оборудования со стоимостью свыше двух млн. дол. были предоставлены Академией Наук Китая. 

Информационный центр: Информационный центр отвечает за сбор, хранение и управление различными данными научных исследований, а также за создание платформы для обмена данными об окружающей среде и ресурсах в Центральной Азии. В центре имеются информационные подотрасли в Алматы, Бишкек и Душанбе, общий объем данных достиг 40 ТБ. 

Экспериментально-показательные зоны: Для того, чтобы в полной мере использовать зрелый опыт и технологические преимущества Китая, создать экспериментально - демонстрационные зоны для управления экосистемами и современными сельскохозяйственными технологиями, повысить уровень управления экосистемами и содействовать устойчивому развитию сельского хозяйства, в центре также имеется экспериментально-показательная зона технологий по мериорации солончаков и солонцов в Казахстане, экспериментально-демонстрационная зона технологий капельного орошения хлопчатника в Узбекистане,  экспериментально-показательная зона высокоурожайных технологий хлопка в Таджикистане и экспериментально-показательная зона сельского хозяйства с контролируемой средой в Кыргызстане, общей площадью более 60 га.